Eesti Vaimse Tervise ja Heaolu Koalitsiooni kõrgeimaks organiks on kord aastas kokku kutsutav liikmete üldkoosolek.

​

Liikmed valivad üldkoosolekute vaheliseks ajaks põhikirjaga määratud ulatuses üldkoosolekute ülesandeid täitma VATEKi nõukogu.

​

Nõukogu määrab VATEKi igapäevaseks juhtimiseks ja esindamiseks juhataja.